Ingénieur R&D en bioinformatique

Gabriel CHANDESRIS

Ingénieur R&D en bioinformatique

JAVA, C, Perl, Python, PHP, MySQL, PostgreSQL, ORACLE,
UML, algorithmique, techniques de biologie, data mining.

$\fbox{PRINCIPAUX DOMAINES DE COMP{\'E}TENCES \texttt{en informatique, biologie et bio-informatique} }$

Matériels et Systèmes

Ordinateurs Apple, Mac OS classic et Mac OS X

Windows 9x/XP

Unix / Linux Ubuntu, Mandriva,

Debian / Ubuntu, Red Hat, Suse, Knoppix...

Langages de programmation

C / C++

JAVA, J2EE et JavaScript

Perl, Python, PHP

Scheme (dérivé de LISP)

SGBD (R et O), Bases De Données

PostGreSQL, MySQL, ORACLE, ORM

Applications en lien avec BDD

Interface web en lien avec BDD

Méthodes, outils et technologies

UML et MERISE

XML, HTML, CSS

Apache, Tomcat, Eclipse

BioInformatique

Algorithmes d'analyse dynamique

Modélisation et simulation en biologie

Génie logiciel appliqué

Fouille de données (data mining)

Biologie

Biochimie, Génétique, chimie...

Biologie cellulaire et immunologie

Techniques d'analyses haut et bas débit

Séquençage, puces à ADN

$\fbox{DIPL{\^O}MES ET FORMATIONS COMPL{\'E}MENTAIRES \texttt{(cursus double comp{\'e}tence)} }$

Master Biologie et Génome, Génie Biologique et Informatique - Université Evry Val d'Essonne - 2009
Licence professionnelle bio-informatique - Conservatoire National des Arts et Métiers (Paris) - 2007
Brevet de Technicien Supérieur Biochimiste - Lycée Gregor Mendel (Vincennes, 94) - 2003

Langues étrangères

Anglais - courant - TOEFL 560 et BULAT niveau 2
Allemand - courant

$\fbox{PRINCIPALES EXPERIENCES PROFESSIONNELLES \texttt{(d{\'e}tails pages suivantes)} }$

BioInformatique : Dassault Systèmes Recherche et Développements en Sciences de la Vie, CNRS (unité IBISC - Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes complexes, Evry).
Biologie médicale : Service médical SNCF, Hôpital d'Instruction des Armées Bégin, laboratoires d'analyses biomédicales et cliniques en région parisienne.
Informatique et traitement de données : EDD, Dassault Systèmes, Bibliothèque Universitaire d'Evry, CNRS (IBISC), cours d'informatique et de programmation (JAVA, Perl).

$\fbox{ - EXPERIENCES PROFESSIONNELLES - }$

EDD - Traitement de données d'entreprises et de marchés publics / depuis septembre 2009
Contart à Durée Indéterminée - CDI.
Ingénieur d'étude - traitement de données

Au sein du secteur études, pour la refonte du système de traitement des données liés aux entreprises (INPI, Infogreffe, offres de marchés publics, données géographiques, d'administration et de justice...)
Continuité d'un développement nouveau,
Conversion des données (XML et formats propriétaires),
Analyse sémantique et contextuelle de certains champs (dirigeants, procédure collective...),
Intégration en base de données PostGre et modification de schéma.

Environnement technique : Linux Debian / Ubuntu, diagrammes UML (classes, conception de tables relationnelles), développement Perl et PHP Orienté Objet, Base PostGre et SQL, Object-Relationnal Mapping (ORM), documentation, environnement de développement Eclipse.

Dassault Systèmes - recherches en sciences de la vie / février à juillet 2009
Stage de fin d'études de Master en BioInformatique.
Développeur d'un prototype de fédération de bases de données en sciences de la vie

Au sein de la division recherche en sciences de la vie et dans un contexte de solutions logicielles de management cycle de vie appliquées au regroupement des données dans ce domaine (pharmacie, recherches cliniques, médecine).
Continuité d'un premier prototype fonctionnel sur une seule base (InterPro, UniprotKB),
Documentation sur d'autres bases de données en biologie et intégration,
Bibliographie scientifique et technique sur l'intégration de données,
Intégration de schéma, conversion des données (XML, Texte, ORACLE),
Développement du nouveau prototype : aspects technique et interface,
Recherche sur les ontologies et la résolution sémantique.

Environnement technique : Windows XP et Linux Debian, diagrammes UML (classes, conception de tables relationnelles), tests, documentation préparatoire et bibliographie scientifique sur le sujet, base de données ORACLE, JAVA et C/C++, Perl, XML, logiciels MatrixOne, , Object-Relationnal Mapping (ORM).

Laboratoire IBISC - CNRS 3190 Evry Génopole / avril à septembre 2008
Stage de première année de Master et CDD Ingénieur de Recherche.
Ingénieur développement informatique scientifique en biologie intégrative

Au sein du laboratoire Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes, dans un contexte de recherche appliquée en biologie structurelle sur la prédiction de la structure secondaire des Acides RiboNucléiques (ARN),
Reprise du travail de développement d'un doctorant en informatique et industrialisation du logiciel de recherche pour le web (JAVA, JSP et Serveur Tomcat),
Optimisation du modèle et nouvelle implémentation de l'algorithme de prédiction,
Tests, déploiement et documentation de l'applicatif sous forme de servlet (application web Tomcat) et remise en place de l'application isolée,
Intégration aux systèmes scientifiques du laboratoire et au site web.

Environnement technique : Linux Ubuntu, développement JAVA sous Eclipse, serveur Tomcat (JSP et servlet dédiées), tests unitaires Junit, documentation javadoc, diagrammes UML (classe, état, séquence), HTML / CSS.

Bibliothèque Universitaire Evry - Val D'Essonne / mai à septembre 2007
Contrat à Durée Déterminée - CDD
Webmaster / développeur intégrateur de données

Au sein de la bibliothèque de l'Université Evry - Val D'Essonne, dans un contexte d'utilisation des Nouvelles Technologies de l'Information et de la Communication (NTIC), mise en place de ressources en ligne en plusieurs étapes
Refonte du cahier des charges et de la conception du Système d'Information dédié au stockage des données (objectif de stockage des sujets d'examens, des mémoires de masters et des thèses),
Conception de l'interface intranet du système d'information,
Développement de l'interface et de la gestion des données (enregistrement, consultation, recherche),
Tests et déploiement / mise en production du système d'information,
Rédaction d'un guide d'utilisation et d'un guide technique ; communication et formation sur le système.

Environnement technique : Mac OS X, Linux Red Hat, Windows XP, PHP, JavaScript, MySQL, HTML et CSS.

Sanofi-Aventis / septembre 2006 à décembre 2006
Stage de dernière année de Licence
Développeur informatique scientifique (intégration de données de recherches)

Dans le cadre des recherches menées au Centre de Recherche de Vitry-Alfortville, pour ajouter un module de jointure entre une base de données publiques et des données internes,
Intégration au système existant, prise en compte du cahier des charges et de la charte graphique,
Conception et programmation du module intégré au système d'information, de l'exploitation des données, de leur enregistrement et de leur restitution (moteur et formulaire de recherches, génération de requêtes automatiques sur moteur PostGreSQL),
Rédaction des spécifications finales, du guide technique et du guide d'utilisation,
Création d'un programme d'installation et déploiement opérationnel sur le système final.

Environnement technique : Linux Red Hat, PostGreSQL, Perl, CGI, HTML, CSS.

Sanofi-Aventis : mars/2005 à janvier/2006
Contrat à Durée Déterminée - CDD - et Intérim
Opérateur de saisie de données cliniques

Pour la clarté des recherches clinique, il y a la nécessité du recueil, de l'informatisation et de l'analyse des données issues des différentes études scientifiques menées sur les médicaments.
Saisie et contrôle des données, analyses statistiques primaires des données,
Codification des effets secondaires, des pathologies traitées et des médicaments,
Interaction avec les membres de l'équipe d'analyse statistique et de Data Mining.

Environnement technique : Windows XP, Clintrial, Data Mining.

Hôpital Léopold Bellan : mars/2007 à avril/2007
Laboratoire Massena : janvier/2006 à septembre/2006
Clinique MGEN : août/2004 à décembre/2004
SNCF - Service médical : mars/2004 à mai/2004
Laboratoire BIOFORCE : octobre/2003 à février/2004
Plusieurs Contrats à Durée Déterminée - CDD
Technicien de laboratoire d'analyses bio-médicales

Dans le cadre du laboratoire interne de biologie-biochimie, travail sur différents automates d'analyses médicales , de la réception des prélèvements au rendu et à l'analyse des résultats avec le biologiste.
Rédaction de ladocumentation de Guides de Bonne Exécution des Analyses (GBEA) et rapports de qualité et de traçabilité,
Formation des techniciens lors de l'arrivée de nouveaux automates et de nouvelles normes,
Rendu des résultats auprès des biologistes et surveillance (contrôle, évolution) lors de pathologies.

Environnement technique : Windows 95/98/XP. Automates d'immuno-enzymologie : VIDAS, Axsym, ARCHITECT, Vitros 250, Olympus. Analyses de chimies et d'immuno-enzymologie, analyses génétiques (recherche de marqueurs) et recherche de variants de l'hémoglobine.

Hôpital d'Instruction des Armées Bégin (Vincennes, 94) : juin/2002 et janvier/2003
Stages de Brevet de Technicien Supérieur Biochimiste (BTS)
Technicien de laboratoire d'analyses bio-médicales

Dans le cadre du BTS Biochimiste, étude et application de protocoles existants et remise aux normes de certaines parties d'entre eux dans un objectif de conformité et d'apprentissage des règles d'analyses et de recherche.
Chromatographie Liquide Haute Performance des variants de l'hémoglobine.
Recherche appliquée de biologie moléculaire du gène responsable de l'hémochromatose (Génétique, Biologie Cellulaire et Moléculaire, PCR, électrophorèse sur gel,...),
Microbiologie / bactériologie (isolement, culture en fermenteur et identification de bactéries).

Environnement technique : Systèmes AMADEUS, Windows 95/98/XP. Analyses génétiques (recherche de marqueurs) et recherche de variants de l'hémoglobine.

Projets personnels et de formation : depuis 2000

Dans l'objectif d'accroître mes connaissances et mes compétences en informatique et surtout en bioinformatique, j'ai réalisé un certain nombre d'applicatifs, souvent en lien avec la biologie.
Conception, programmation et tests de programmes sur la Vie Artificielle (simulation et modélisation informatique) ; il s'agit de programmes fortement orientés objets, pour la simulation et la modélisation de systèmes biologiques (cellules, réseaux génétiques...).
Conception, programmation et présentation d'un programme utile pour la recherche et l'enseignement en bio-informatique : Phylogenetik, composé notamment dune interface graphique et facilement modulable et réutilisable du fait de sa conception Orientée Objet,
Conception, développement, déploiement et maintenance d'un site web personnel et d'un blog, établissement des chartes graphiques, publication de quelques éléments de mes exercices de programmation et de développement autour de thématiques diverses.

Environnement technique : Mac OS Classic (8 et 9) et Mac OS X, Linux Debian / Ubuntu ; Développement sous divers langages (JAVA, Perl, PHP, C / C++) et environnements de développement (Eclipse, XCode), compétences développées autour de ces langages mais également HTML/CSS/JavaScript (pour le web), Perl et PHP associés à MySQL. Connaissances théoriques et appliquées en biologie.