Ingénieur en bio-informatique / Data Science
(Bases de Données)

gabriel.chandesris[at]laposte.net

Compétences informatiques, biologiques et bio-informatiques

À l'aise sur les trois systèmes d'exploitation du marché (Mac OS, Unix / Linux et Windows), développeur en bases de données (Oracle, MySQL, PostGres) et dans différents langages (JAVA, Perl, C/C++...), rédacteur de documentation (LATEX et MarkDown), j'utilise mes connaissances appronfondies en biochimie et biologie, acquises notamment en laboratoire (théorie et pratique). Je pratique l'anglais couramment.

Expérience professionnelle

depuis 06/2018 Consultant et Formateur en développement logiciel OXiane en CDI
Développement logiciel, rédaction de supports de cours, animation de séminaires
JAVA, Spring, Hibernate, Apache Kafka
04/2015 - 05/2018 Ingénieur développement en bio-informatique Dassault Systèmes en CDI
Département BIOVIA, fédération et exploitation de données en Sciences de la Vie : continuité du projet BioIntelligence,
Contraintes industrielles internes et des outils Pipeline Pilot / BIOVIA Foundation, C++, JAVA
Méthodes agiles (Scrum, eXtreme Programming). ``ETL Life Science'' (Extraction-Treatment-Loading) :
utilisation de Exalead CloudView, RDF (Resource Description Framework) et Apache Jena (JAVA et RDF)
11/2010 - 04/2015 Ingénieur développement BioInformatique SoBioS, filiale de Dassault Systèmes en CDI
Consortium BioIntelligence, partenaires associés (Dassault Systèmes, SANOFI, Ipsen, INSERM, ...), pour des projets de plate-forme dédiée à la recherche clinique et pharmacologique.
C++, JAVA (J2EE et Swing), Web (HTML, CSS, JavaScript) ; 3DEXPERIENCE PLATFORM.
09/2009 - 10/2010 Ingénieur d'étude - traitement de données EDD en CDI
Fédération de données d'entreprises et de marchés publics
Développement d'un framework complet en Perl), Intégration PostGres, SQL ; analyse sémantique.
02/2009 - 07/2009 Développeur d'un prototype de fédération de bases de données en sciences de la vie Dassault Systèmes Stage de fin d'études
Prototypage de fragments d'atelier en logiciel pour les recherches en Sciences de la Vie
Documentation, bibliographie scientifique et technique sur l'intégration de bases de données en biologie (centré sur UniProtKB : XML, Texte, base ORACLE, Perl, JAVA / J2EE) ;
Développement d'un prototype : aspects technique et interface, Recherche sur les ontologies et la résolution sémantique.
04/2008 - 09/2008 Ingénieur développement informatique scientifique en biologie Laboratoire IBISC - CNRS 3190 Evry Génopole Stage et CDD
Modélisation Numérique de processus biologiques, prédiction de la structure secondaire des Acides RiboNucléiques (ARN)
Industrialisation du logiciel de recherche pour le web (JAVA / J2EE, JSP / Java Servlet Page et serveur Tomcat),
Optimisation du modèle et nouvelle implémentation de l'algorithme de prédiction.
05/2007 - 09/2007 Webmaster / développeur intégrateur de données Bibliothèque Universitaire Evry - Val D'Essonne CDD
Rédaction du cahier des charges,
Interface graphique et gestion des données (enregistrement, consultation, recherche)
Tests et déploiement / mise en production, Rédaction d'un guide d'utilisation et d'un guide technique ; communication et information ; PHP / MySQL, HTML, CSS, JavaScript
09/2006 - 12/2006 Développeur informatique scientifique (intégration de données de recherches) Sanofi-Aventis Stage
Développement d'un module de jointure entre une base de données publiques et des données internes ;
CGI Perl, moteur SQL et PostGres, Web (HTML, CSS, JavaScript)
Conception, développement et intégration du module : enregistrement, exploitation et restitution des données ; documentation et guides.
03/2005 - 01/2006 Opérateur de saisie de données cliniques Sanofi-Aventis CDD
Recueil et de l'analyse des données issues de différentes études scientifiques menées sur les médicaments
Saisie et contrôle des données, analyses statistiques primaires des données ;
codification des effets secondaires, des pathologies traitées et des médicaments ;
interaction avec l'équipe d'analyse statistique et de Data Mining.
10/2003 - 04/2007 Technicien de laboratoire d'analyses bio-médicales
Hôpital Léopold Bellan, Laboratoire Masséna, Clinique MGEN, SNCF - Service Médical, Laboratoire BIOFORCE, Hôpital d'Instruction des Armées Bégin
CDD, divers remplacements ou stages
Travail sur différents automates d'analyses médicales , de la réception des prélèvements au rendu et à l'analyse des résultats
Rédaction de la documentation de Guides de Bonne Exécution des Analyses (GBEA) et rapports de qualité et de traçabilité ;
Chromatographie Liquide Haute Performance des variants de l'hémoglobine.
Recherche appliquée de biologie moléculaire du gène responsable de l'hémochromatose (Génétique, Biologie Cellulaire et Moléculaire, PCR, électrophorèse sur gel,...),
Microbiologie / bactériologie (isolement, culture en fermenteur et identification de bactéries).

Formation

2009 Master Biologie et Génome, Génie Biologique et Informatique
Université Evry Val d'Essonne, Évry
2007 Licence Biotechnologie / Bio-Informatique
Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM) Paris
2005 Certificat de compétences en bio-informatique
Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM), Paris
2003 Brevet de Technicien Supérieur Biochimiste
Lycée Gregor Mendel, Vincennes
2000 Baccalauréat Scientifique, spécialité Sciences de la Vie et de la Terre
Lycée Hélène Boucher, Paris

Centres d'intérêts

Lectures Actualités, romans de science-fiction
Jeux Sociaux Jeux de Rôles (JdR) et jeux de plateaux. Joueur, meneur de jeux depuis 2011 ; président-gestionnaire de l'association Ligue Ludique de 2016 à 2018 (gestion des projets et des évènements).

Président Association Ligue Ludique (Paris) Bénévolat
Coordination de l'association concernant les activités ludiques, les partenariats, la communication et les évènements...
Gestion, participation et rationnalisation des différents projets lié à la promotion du Jeu de Rôle (JdR) ;
Communication : site web et articles, Forum, page FaceBook, compte Twitter ;
Partenariats : boutiques de jeux, cafés, bibliothèques ;
Évènements : parties hedbomadaires, GameDays autour de certains jeux, Conventions de JdR et assimilées (Festival des Mondes de l'Imaginaire, Paris Est Ludique, Salon Fantastique) ;

Cusiosité en informatique
Projets Personnels de Développement
Pour approfondir mes connaissances et mes compétences en informatique et surtout en bio-informatique, réalisation un certain nombre d'applicatifs, souvent en lien avec la biologie (généralement en Java) Prototypages sur la Vie Artificielle (simulation et modélisation informatique) ; il s'agit de programmes fortement orientés objets, pour la simulation et la modélisation de systèmes biologiques
Conception, programmation et présentation d'un programme utile pour la recherche et l'enseignement en bio-informatique : Phylogenetik, composé notamment dune interface graphique et facilement modulable et réutilisable du fait de sa conception Orientée Objet,
Conception, développement, déploiement et maintenance d'un site web personnel et d'un blog, établissement des chartes graphiques, publication de quelques éléments de mes exercices de programmation et de développement autour de thématiques diverses.