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 18.09.2009   

De la Bio-informatique...

18 Septembre 2009

Pour reprendre sur ce blog quelques éléments de bioinformatique (notamment lié à des requêtes de lectrices / lecteurs mais aussi sur Google, du genre «analyse mathématique et informatique de données sur l'expression de gènes». Ce billet est là histoire de rafraîchir les idées.




La bio-informatique et la biologie computationnelle comprend l'utilisation d'outils et de techniques relevant des mathématiques appliquées, de l'informatique, des statistiques, de l'informatique, de l'entreposage de données et de l'exploration de données pour résoudre des problèmes biologiques. La recherche en biologie computationnelle regroupe souvent la biosystémique. Parmi les principaux efforts de recherche dans ce domaine, on retrouve : l'alignement de séquences, l'identification des gènes, l'analyse de la réponse des gènes, l'assemblage du génome, l'alignement de la structure protéique, la prévision de la structure protéique, la prévision de l'expression des gènes et des interactions entre protéines, et la modélisation de l'évolution.

Les termes
bio-informatique et biologie computationnelle sont souvent utilisés de manière interchangeable. Toutefois, la bio-informatique désigne plus exactement la création et l'avancement des algorithmes, des techniques computationnelles et des statistiques, la théorie pour résoudre les problèmes formels et pratiques que posent la gestion et l'analyse des données biologiques, ou qui s'en inspirent. Quant à la biologie computationnelle, elle désigne l'investigation au moyen d'hypothèses d'un problème biologique précis, à l'aide de d'ordinateurs et en utilisant des données expérimentales et simulées, l'objectif premier étant la découverte et l'avancement des connaissances biologiques.





Il n'y a pas que de la bio-informatique dans ce billet, mais cela peut donner des idées à certain(e)s geek(ette)s... Notamment avec quelques idées de défis (quasiment impossibles) à réaliser en informatique pure tant qu'en bio-informatique ou analyse des données de biologie (d'où l'intérêt de l'outil informatique utilisé en biologie) : implémenter ou détecter un langage de «programmation bio» avec la complexité autour du dogme central de la biologie (transcription, traduction, opérons, promoteurs, petits arn) ; compression de séquences nucléiques ou protéiques (domaines mais pas de répétitions strictes) ; modélisation à différents niveaux voire à tous les niveaux (atomes, entités chimiques, entités complexes...) ; alignements / recherche de motifs : force brute et heuristiques sont présents plus que les autres (sauf peut-être certaines RegExp...)...



@+
Gaby


Publié dans la catégorie : Biologie


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