G a b y ' s   B l o g

Un billet bien blogguesque pour insister sur ma double compétence biologie et informatique, une présentation succincte du projet tutoré réalisé pour la licence professionnelle biotechnologie option bio-informatique que j'ai effectuée au Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM) à Paris. Ce projet tutoré était la dernière étape pour l'obtention de ce diplôme (il me reste l'oral à passer incessament sous peu) après le stage (trouvé avec un soupçon de chance et de relation...).

Merci à toutes les personnes qui soulignaient déjà qu'un Brevet de Technicien Supérieur (BTS) n'est pas un petit diplôme. Un Diplôme supplémentaire du CNAM (une licence professionnelle dans mon cas) c'est surtout beaucoup de motivation (cours du soir, et travail de week-end), c'est aussi (et surtout) de sacrés compétences très utiles ! Les chefs d'entreprises et les salariés qui connaissent en savent quelque chose...

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Intitulé du projet tutoré : Phylogenetik, Conception, déploiement et tests d'un logiciel en Java pour la construction d'arbres phylogénétiques avec une interface graphique. L'interface graphique est réalisée avec la bibliothèque Swing (qui s'appuie sur AWT), les algorithmes de bio-informatiques implémentés sont les suivants : Needleman et Wunsch, Smith et Waterman, UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean), Neigbour-Joining... Le programme qui résulte de ce projet est utilisable tel quel (cela serait tout de même sympathique de me laisser un petit message), voici une petite liste non exhaustive d'ajouts et de modifications possibles :

1. Faire un affichage points et traits (branches) pour les arbres (forme classique),
2. Calculer les distances de façon plus «efficace»,
3. Implémenter d'autres méthodes de construction d'arbres phylogénétiques (parcimonie...),
4. Pouvoir enlever une ou plusieurs séquences du calcul en cours,
5. Enregistrer la «configuration» en cours (séquences et arbres construits),
6. ...

Ressources diverses...

• Une archive «cédérom» de l'ensemble du projet Phylogenetik
• Les ressources développées (jusqu'en février 2007)
• JavaDoc libre et commentée de l'application java Phylogenetik
• L'archive Java Phylogenetik
• Un fichier zip Phylogenetik avec les fichiers .java et la JavaDoc
• Le rapport du projet tutoré Phylogenetik

Liens complémentaires

• La chaire de bio-informatique au CNAM
• Spécialité bio-informatique, double compétence biologie et informatique
• Plus sur la bio-informatique
• Biologie et informatique, série... (liste d'articles sur la bio-informatique)

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