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 24.12.2004   

Joyeux Noel

24 décembre 2004

Joyeux Noël, bonne veillée, bonne dinde, bons gateaux, n'abusez pas trop du chocolat !!

@+
Gaby


Publié dans la catégorie : Actualités

L'échelle de Darwin

24 décembre 2004

Pour les biologistes fanatiques de science-fiction, voici un livre (publié en france en 2001), sur lequel j'ai pris des notes.
Tous droits réservés à l'auteur et à l'éditeur
L'ÉcHELLE DE DARWIN
Greg Bear
Collection Ailleurs&Demain (Robert Laffont)
[DARWIN'S RADIO 1999, traduit en 2001]
ISBN 2-221-09181-7 [orig 0-345-42333-X]

Résumé :
«Au fond d'une caverne des alpes suisses, trois corps préservés par le froid depuis plus de dix mille ans : une famille préhistorique, néandertalienne, dont l'enfant semble curieusement moderne...
Découverte en Géorgie d'un charnier récent qui ne doit rien à la révolution ni à la guerre... Toutes les femmes étaient enceintes. et le secret d'État pèse sur cette affaire.
Kaye Lang, généticienne de talent et peut-être de génie, découvre que la partie silencieuse de nos gène recèle d'anciens virus susceptibles de s'éveiller. Et plus encore qu'une surprenante machinerie, enfouie dans nos gènes depuis des millions d'années, vient de s'enclencher.
Alors qu'une maladie terrifiante, le syndrome de SHEVA, se met à frapper les femmes.
L'humanité est-elle menacée, ou bien se prépare-t-elle à un nouveau bond sur l'échelle de Darwin, la voie de l'évolution ?»



p. 59 : les rétrovirus endogènes humains (HERV, Human Endogenous RetroVirus)
Étude des phages lysogènes en milieu bactérien et des rétrovirus chez l'humain et le singe. Des rétrovirus évidés sont d'usage commun en thérapie génique, en tant que transporteurs de gènes correcteurs. [...] Nombre de métazoaires - de fromes de vie non bactériennes - sont porteurs dans leurs gènes de résidus dormants d'anciens rétrovirus. Au moins un tiers du génome humain, notre bibliothèque génétique, est composé de ces rétrovirus qualifiés d'endogènes [... qui] pourraient produire de nouvelles révélations sur le génome.

p. 66-67 : les locus
Éléments de HERV potentiellement complets et infectieux sur les chromosomes 14 et 17, article du journal Virology : «Un modèle pour l'expression, l'assemblage et la transmission latérale des gènes env, pol et gag chromosomiquement dispersés : des anciens éléments rétroviraux viables chez l'homme et le singe.» [...] Les rétrovirus découverts dans les foetus avortés étaient génétiquement identiques à des HERV qui faisaient partie du génome humain depuis que les singes du Vieux continent et du Nouveau Monde étaient apparus sur l'échelle de l'évolution. Tous les êtres humains étaient porteurs de ces HERV, mais ceux-ci n'étaient plus de sdétritus génétiques ni des fragments abandonnés. Quelque chose avait stimulé leurs egments dispersés pour exprimer puis assembler les rotéines de l'ARN qu'ils encodaient afin de former une particule capable de quitter l'organisme et d'infecter un autre individu.
Signification évolutionnaire des éléments génétiques transposables, surnommés les gènes sauteurs : les transposons, les rétrotransposons et mêmes les HERV. ces éléments transposables peuvent modifier le lieu, le moment et la faco dont les gènes s'expriment, causant ainsi des mutations et altérant en fin de compte la nature physique d'un organisme. [Ligne] Jadis, ces éléments transposables, ces rétrogènes, avaient sans doute été les précurseurs des virus ; certains avaient muté et appris à quitter la cellule, abrités par des capsides et des enveloppes protectrices, l'équivalent génétique d'un scaphandre spatial. Quelques-uns étaient revenus sous la forme de rétrovirus, pareils à des fils prodigues ; au fils de millénaires, certains rétrovirus avaient infecté des cellules de la lignée germinale - ovules, spermatozoïdes ou leurs précurseurs - et perdu leur puissance. Ils étaient devenus des HERV.
Maladie nommée la grippe d'Hérode, car provoque l'apparition de graves troubles chez le foetus et sa mort prématurée (détails qui suivent). Enfants prématurés aynt anomalies plus ou moins subtiles, immaculées conceptions, villages entiers rasés et stérilisés...

p. 70 Nomination du virus
SHERVA : Scattered Human Endogenous RetroVirus Activation [Actvivation d'un rétrovirus endogène humain dispersé]

p. 78-79 SHEVA "sonne mieux"
Rétrovirus, 82 Kb, trente gènes. composants gag et pol sur le chromosome 14, env sur le 17, légèrement pathogène et l'être humain ne lui oppose qu'une faible résistance (virus resté en sommeil très longtemps).

p. 81 «Un provirus humain, tapi depuis des millons d'années dans notre ADN tel un passager clndestion, vient d'être associé à une nouvelle variété de grippe qui ne frappe que les femmes...»
Pas vraiment une grippe : ne ressemble pas à influenza ni aux virus associés au rhume et à la grippe. Symptôme commun à d'autres virus (fièvres, douleurs à la gorge, toux) mais n'atteint que les femmes. Rétrovirus : ARN->ADN->ADN de l'hôte. Premier HERV à être activé (sortie des chromosomes) et à être transmis latéralement (contagion) et non plus verticalemnt (du parent à l'enfant pa le biais du patrimoine génétique).
Introduction dans les gènes de l'espèce est liée à l'infection des cellules germinales. Le provirus a pu subir une rupture, une mutation ou une neutralisation. Possibilité que des fragments de provirus attachés à différents chromosomes peuvent exprimer toutes les parties d'un rétrovirus actif.

p. 93 citation : Darwin et Lynn Margulis
Théorie de l'évolution : symbiose des cellules eucaryotes.

p. 97 Fonctionnement de SHEVA - simulation
Introduction dans hépatocytes, désactivation de certaines fonctions cellulaires, détournement d'autres fonctions, transcription de l'ARN en ADN et intégration au noyau, reproduction. Sécrétion depuis la cellule de facon contrôlée (fragment de paroi cellulaire), les cellules ne sont pas tuées, une particule virale sur vingt est viable (cinq fois mieux que le VIH).
SHEVA ne tranporte pas tous les ingrédient pour provoquer la grippe d'Hérode : activation d'un gène sur un autre chomosome, le 21, et codant pour une polyprotéine, le LPC (Large Protein Complex). Il existe un facteur unique de transcription de ce gène, présent dans le génome de SHEVA, qui sert de clé pour ouvrir le coffre.
Protéase de SHEVA provoque apparition de trois nouvelles cyclo-oxygénases et lipooxygénases qui synthétisent trois prostaglandines différentes et uniques, dont deux nouvelles et puissantes (fausses couches en moins d'une semaine).

p. 104 à 111 SHEVA : plasmide, phage ou descolada humaine ?
Le gradualisme : l'évolution progresse par étapes imperceptibles, au moyens de mutations s'accumulant sur de longues périodes, généralement au détriment de l'individu. Les mutations bénéfiques sont sélectionnées en fonction des avantages acquis vis à vis de la reproduction et de la recherche de nourriture (Enrst Mayr). cf. synthèse avec Darwinisme et le gène égoïste (Richard Dawkins).
SHEVA rentrerait dans une boucle de communication fermée entre individus d'une même population, sans rapport avec le sexe. Assez petit (82Kb et 30 gènes), il lui suffit d'utiliser une clé ou un code d'accès au génome, jouant le rôle d'élément génétiquemobile, de promoteur ou de messager (virus messagers de l'évolution, certains transportent des bribes de matériel génétique d'un hôte à l'autre).
Éruption de spéciation à chaque apparition d'une nouvelle niche : nouveau continent/île, disparition d'anciennes espèces... Espèces dotées d'un "ordinateur biologique" qui traite les mutations potentiellement bénéfiques, selon les estimations et le taux de réussite des évolutions passées.
Le changement peut être déclenché par des hormones liées au stress (qui influent sur l'expression des gènes). Si les organismes stressés sont en nombre suffisant : le quorum est atteint et lance un algorithme génétique qui compare le stress à une liste d'adaptations, ou de réponse évolutionnaires.
Mutations grammaticales, propositions physiologiques ne violant aucune des rêgles structurlles importantes de l'organisme. L'information étant stockée sur des marqueurs rangés dans une région non codante de l'organisme (section plus ou moins grande selon l'espèce et les adaptations possibles). L'expression ne se produit que dans les cellules germinales haploïdes et ne s'effectue qu'après confirmation par un autre individu (phéromone, contact oculaire).
Ce travail se fait par petites altérations pour produire une nouvelle espèce, ou doté d'instructions standard (inter-espèces, commun à l'homme et au chimpanzé, par exemple). Un changement à la fois (unité), sélectionné par un système d'intelligence de réseau neuronal.
Le cerveau focntionne comme un écosystème (définition la plus élémentaire de la pensée). Les neurones échangent de nombreux signaux, qui peuvent s'ajouter ou se soustraire les uns aux autres, se neutraliser mutuellement ou coopérer afin de parvenir à une décision. Les actes fondamentaux de la nature que sont la coopération et la compétition (symbiose, parasitisme, prédation) sont ainsi géré par un système de noeuds (neurones dans le cerveua, gènes dans le génome) afin de permettre leur reproduction à la génération suivante (individu dans espèce dans écosystème) en utilisant ces actes fondamentaux.
SHEVA forme une boucle en feed-back pour les organismes individuels et aboutis ainsi à une coopération entre individu (créatio d'un ensemble social). Les individus s'achangent des informations pour arriver à un équilibre (comme les plasmides des bactéries), au sein d'une même espèce.

p. 122 à 124 Le foetus
Le syndrome SHEVA provoque une fausse couche au bout d'un mois, ce foetus peut être caractérisé comme étant un ovaire avec une réserve de sang (le reste étant atrophié : moelle épinière, coeur, foie ; rein, intestin inexistants). Les particules virales sont absentes du follicule mais présent en forte quantité dans le reste du foetus.

p. 134 SHEVA est une MST sélective
Ce virus n'atteint que les femmes ayant un partenaire masculin régulier, et n'atteint ni les femmes célibataires ni les homosexuels mâles. ce virus est transmis aux femmes par les hommes, à l'issue d'une période d'expostion relativement longue. L'analogie de SHEVA avec les phages lysogènes des bactéries : des stimuli potentiellement létaux provoque son apparition : surpopulation, conditions sociales, radiations...

p. 166 et 167 SHEVA ne se cristallise pas et autres précisions
Chacun des foetus contient une grosse masse folliculaire, similaire à un ovaire, mais ne contenant qu'un vingtaine de follicules. Dans chacun des cas, on ne dénombre que trois follicules brisés au plus. L'expulsion de nouveaux ovules ainsi préparés par ce foetus expulsé, provoque une deuxième grossesse pouvant être menée à terme, l'individu ainsi "fabriqué" porte les modifications souhaitées pas SHEVA. La fausse couche du premier foetus est indolore (au bout des trois premiers mois de gestation), la grossesse de l'autre est normale (neuf mois), l'endomère n'est pas perdu (comme si la mère était encore enceinte), le processus entier dure dix mois).

p. 195 à 197 Le signal
Une clé ouvrant une réserve génétique, des instructions pour un nouveau phénotype. Édifié en l'espace de lusieurs milliers d'années. Des hypothèses plus ou moins fondées relatives à tel ou tel trait. Des ajustements effectués selon un programme plutôt rigide à des fins d'évolution. cela ne ressemble à aucun type de maladie connu et reste un rétrovirus catalyseur.
Le premier foetus produit un deuxième oeuf qui s'attache à la paroi utérine de la mère. SHEVA provoque l'apparition d'un complexe de polyprotéines qui dissocient le cytosol hors du noyau : des hormones lutéotropes, des hormones follicostimulantes, des prostaglandines. certaines sont responsables de fausses couches et d'autre d'altérer un oeuf de facon substantielle (déclenchant ne mutation ou un autre mode de reproduction).

p. 212 Influence des tranposons
Les transposons - fragments d'ADN mobiles à l'intérieur du génome - seraient plus que de simples gènes égoïstes. Ils peuvent agir comme régulateurs du phénotype (altruiste plus qu'égoïste) : ils servent de guide à la transformtion des protéines en tissus vivant, ou altèrent la facon dont les protéines créent une plante ou un animal. La similitude entre rétrotransposons et rétrovirus permet de voir un lien génétique avec SHEVA.
L'activité des transposons dans les hépatocytes infectés par SHEVA est légèrement augmentée. Ils se mélangent sans effet apparent. L'étude sur des cellules souches montre une activité sur vingt chromosomes. Là où un processus aléatoire tuerait la cellule, les cellules étudiées restent assi saines qu'auparavant. cette activitée est décenchée par SHEVA (dans le LPC ?) et soumet la cellule à un stress extraordinaire.

p. 215 et 216 But de SHEVA ?
Tous le monde n'y est pas vulnérable : les hommes ont une forte réaction immunitaire à SHEVA quand ce ne sont pas eux qui le produisent (affection de 48 heures au maximum, rare), les femmes sont toutes menacées. La stratégie de SHEVA est à très long terme (plusieurs millénaires), et dont la propagation dépend de la population plutôt que des individus. considérant qu'une réaction immunitaire serait contre-productive, ce virus n'émerge qu'en cas de stress ou d'un autre facteur méconnu.
Un provirus est l'ADN viral intégré dans le matériaux génétique de l'hôte (ici l'homme), son expression le transform en virus ou rétrovirus. La réaction immunitaire chez l'homme, malgré des antigènes simples et invariants, est dûe à un gène de SHEVA qui déclenche de subtiles variations/mutations, déclenchant la production d'antigènes à la surface de certaines cellules (préalable à une réponse immunitaire) et faît s'acclimater l'organisme...

p. 235 à 245 L'évolution de SHEVA
L'analyse sur les corps néandertaliens et le bébé découvert à proximité indique que SHEVA a peu changé en 15 000 ans, bien qu'il s'agisse d'ADN peu utilisé (renouvelé, testé, conservé, protégé par des protéines et la chromatine environnante).
Les parents subissent aussi l'influence de SHEVA : le virus provoque une mue (comme pour les serpents), avec l'apparition d'un masque de peau sur le visage, les critères de la nouvelle sous-espèce de l'enfant deviennnent apparent chez l'adulte parent, lié (?) à un sous-HERV déclenché par SHEVA.
«Une population est un gigantesque réseau d'unités se livrant ente elles à la compétition et à la coppération, parfois en même temps. Nombreuses preuves de communications entre individus dans une population. Les arbres communiquent via des substances chimiques. Les humains via des phéromones. Les bactéries échangent des plasmides et des phages lysogènes. [...]Un écosystème est un réseau d'espèces se livrant entre elles à la compétition et à la collaboration. Les phéromones et autres substances chimiques peuvent passer d'une espèce à l'autre. U réseau peut avoir les mêmes qualitées qu'un cerveau ; un cerveau humain est un réseau de neurones, une pensée créative est possible dans tout réseau neuronal fonctionnel suffisamment complexe. [...]Les molécules et les virus porteurs de signaux transportent de l'information entre les gens. cette information est rassemblée par l'individu à mesure de son expérience ; mais s'agit-il là d'évolution lamarckienne ?»
Tout organisme individuel est conscient de son environnement et y réagit. Les signaux échangés par les individus entraînent des fluctuations dans la chimie interne et affecte le génome, en particulier les éléments mobiles (transposons?) de la mémoire génétique qui mettent à jour des ensembles de changemnts hypothétiques. Boucle de feed-back complète : environnement modifié qui stresse les organismes ; différents types de stress qui affectent des équilibres chimiques et fait réagir la mémoire de réserve : le éléments mobiles se déplacent selon un algorithme évolutionnaire élaboré sur une longue période, un ordinateur génétique décide du phénotype le mieux adapté aux conditions à l'origine du stress. Si le changment est progressif, pour le phénotype il est indectétable, pour l'environnement l'organisme réagit de facon majeure au résultat (stress social humain à long terme). =>Les rétrovirus endogènes s'expriment, transportent un signal, coordonnent l'activation d'éléments spécifiques dans la banque de mémoire génétique.
Transmission par les gamètes de facon encodée : gènes encodés, redondance. Le "mode d'emploi" est donné uniquement pour les parties actives ou modifiées. L'activation du rétrovirus endogène est lié au stress de la compétition, afin d'éviter une disparition de l'espèce, au prix de modifications.

p. 278 SHEVA agent de redistribution biologique

p. 299 Apparition de populations isolées adaptées à leur environnement, mais appartenant à la même espèce. Les modifications apportées (et sélectionnées) en font pourtant des êtres différents.

p. 304 Mutations de SHEVA
Recherche d'une meilleure adaptation de l'espèce, les modifications apportées étaient bénéfiques en un sens mais mal transmissibles (foetus hypersensible à un virus via la barrière placentaire rompue par SHEVA, comme l'herpès).

p. 306 Les nouvelles clés
Les gènes activés par SHEVA (LPC) sont subtilement différents au fur et à mesure du changement du virus, donnant des instructions légèrement différentes lors d'un changement de stratégie du virus ; ces gènes se trouvent sur les autosomes (chromosomes non sexuels), comme des sauvegardes ou des alternatives.

p. 330 à 335 Apparition de SHEVA-X
De nouvelles souches de SHEVA, neuf variétés différentes (glycoprotéines qui changent) ; il s'agit d'un programme de rechange déclenché suite à l'incapacité de produire des enfants viables : grossesses du second stade ne seront plus sensibles aux infections virales type herpès.
Les mutations sont en général peu bénéfique (maladies, non viabilité...) : c'est le paradigme (problème) de l'évolution ; le fait que le génome dispose d'un moyen de contrôle pour ses modifications permet la survie de l'information malgré le stress environnmental et le hasard.

p. 364 Le masque de grossesse

p. 415 Passage de 46 à 52 chromosomes

p. 493 apparition de caractères supplémentaires pour l'espèce
Stress lié à l'environnement social : réponse avec des organes voméronausaux actifs, traitant certaines phéromones (vomérophérines) et entraînant des réactions (comme les chiens et les chats), l'organe est amélioré dans ce cas (mélioration des relations sociales entraînant une trop forte compétition inter-individu?).
Je n'ai pas mis le précis de biologie, ni les définitions (il ne faut pas abuser quand même, achetez-le si vous voulez plus de détail, du suspense, de l'amour...). Il ne faut pas avoir peur de lire 500 pages (c'est sûrement mieux que de regarder la Ferme ou Star Academy à la télévision).

@+
Gaby


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Last Update : 30.12.2015

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